Para subir archivos, actualizarlos y eliminarlos, lo que más me gusta es utilizar un FTP. Si uno no tiene acceso a una carpeta mediante FTP (porque no es quien administra el hosting), Moodle permite crear repositorios externos.
Esto es muy útil para ese tipo de recursos que se utilizan en más de un curso: alguna imagen, algún PDF, etc.
Más allá de eso, en las últimas versiones también tenemos (con usuario administrador) la posibilidad de acceder a las carpetas de los demás cursos. De esta manera, no es necesario utilizar un FTP sino simplemente tener claro en qué curso se subió el archivo y buscarlo en el repositorio local, abriendo la carpeta del curso correspondiente.
